Cơ cấu tổ chức hiện nay của Sở Giáo dục và Đào tạo Nghệ An bao gồm:

- Ban Giám đốc

- Công đoàn Ngành

- 12 phòng ban sở 

- 20 phòng giáo dục và đào tạo

- 19 trung tâm giáo dục thường xuyên

- 2 trung tâm giáo dục thường xuyên cấp tỉnh

- 91 trường THPT (trong đó 01 trường chuyên)

- 1 trung tâm Kĩ thuật tổng hợp- hướng nghiệp tỉnh 

- Công ty Sách- Thiết bị trường học